국세청이 국토부 '건축물 착공신고' 자료를 누락해 부가세 과세자료로 활용하지 못한 것으로 드러났다.

실제 2004~2007년까지 파악됐어야 신고자료 중 3분의 2이상이 누락됐다.

또 간이과세배제 기준을 지역별로 주먹구구식으로 적용하는 데다 대상 업종이 모호해 형평성에 어긋한 적용이 많은 것으로 나타났다. 게다가 벌금이나 이중 환급으로 국고 손실마저 초래했다.

감사원은 21일 이런 내용을 골자로 하는 부가가치세제 운영 및 개선실태 감사결과를 발표하고 국세청과 기획재정부 등 관계기과에 개선책 마련을 강구토록 했다고 밝혔다.

이에 따르면 국세청은 건축물 착공 신고자료를 국토부에서 전산으로 입력받지 않고 지자체로부터 개별 제출받아 행정력을 낭비했다.

특히 이 결과 2004년~2007년까지 국토부 건축행정 시스템에 자료에 41만609건(도급금액 221조9000억원) 가우데 31.6% 정도인 12만9646건만 과세자료로 수집된 것으로 드러났다.

나머지 3분의 2가 넘는 28만963건이 누락된 셈이다.

이와 함께 간이과세 배제기준을 주먹구구 식으로 운영했다는 지적도 받았다.

부동산 임대업기준에 미달하더라도 지역기준에서 규정한 지역에서 사업하는 임대사업자에 대해 간이과세 배제를 규정하고 있으나 실제로는 지역별로 차별이 있었던 것이다.

서대전세무서의 경우 대전시 서구에 싸는 모씨 소유 오피스텔에 대해 지역 기준을 적용해는 등 2008년 9월말 현재 174명 중 168명을 일반과세 적용했다.

그러나 서초세무서는 지역기준이 아닌 부동산임대 기준에 따라 간이과세로 사업자 등록을 내줘 2008년 8월28일 현재 임대사업자 96명에 대해 전원 간이 과세로 결정했다.

또 부가가치세 납무 면제자에 대해 환급 의무를 방치하거나 이미 환급받은 사람들에게 이중으로 환급하면서 국고 손실을 입혔다.

일례로 서울 중구 모 주식회사는 지난 2007년도에 이미 부가세를 환급 받았지만 2008년 1월 부가세 4억4600만원을 환급해 달라는 요청을 받고 또다시 세금을 돌려줬다.

재정부는 부가세 규정을 내세워 주류사업자들에 대해 주류하치장 설치 신고를 이중으로 하고 있다고 감사원 지적을 받았다.

감사원은 이외에도 매입자 발행 세금계산서 발행 신청기한이 15일로 지나치게 짧아 매입자가 신청기한을 넘겨 이용하지 못하고 있다는 권고를 했다.

김성배 기자 sbkim@asiae.co.kr
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