[아시아경제 이지은 기자]연구개발(R&D) 조세지원 중 대기업의 비율이 62.8%에 달하고 이중 상위사 10개에 40.4%의 지원이 몰리는 등 상위 대기업에 대한 조세지원 집중도가 지나치게 높은 것으로 나타났다.

중소기업연구원(원장 김동선)은 29일 '중소기업 연구개발 조세지원의 현황 및 과제' 보고서에서 기업에 제공되는 R&D 조세혜택의 40.4%를 상위 10개사가 차지하고 있다고 밝혔다.

또 대기업의 비중은 지난 2010년 59.4%에서 2011년 61.1%로, 2012년 62.8%로 높아지는 추세지만 중소기업 비중은 40.6%에서 38.9%, 37.2%로 갈수록 감소하는 추세다.

특히 R&D 설비투자 세액공제의 4.5%, R&D준비금 손금산입의 3.1%만이 중소기업에 지원되고 있는 것으로 나타났다.

이처럼 세액공제 혜택이 많은 것은 중소기업의 대비 대기업이 R&D에 투자하는 액수가 많기 때문이다. 지난 2012년 대기업의 R&D 투자액은 32조709억원으로, 전체 기업 R&D 투자액의 74.2%를 차지했다. R&D 투자 대비 R&D 조세지원은 오히려 중소기업이 대기업에 비해 높은 것이다.

하지만 중기연구원은 여전히 중소기업에 더 많은 지원이 필요하다는 지적이다. 노민선 중기연구원 연구위원은 "중소기업이 투자액 대비 조세지원은 많이 받고 있지만 투자액 자체가 부족해 아직까지는 더 많은 지원이 필요하다"며 "대기업의 경우 조세지원이 없어도 투자를 할 수 있는 여력이 있다"고 말했다.

정부의 R&D 조세지원 폐지·축소 역시 중소기업에게는 직격타로 다가올 수 있다고 내다봤다. 현재 정부는 세수 부족으로 인한 재정적자 해소를 위해 금액이 큰 일부 R&D 조세지원에 대한 폐지·축소를 추진 중이다.

노 연구위원은 "해외 국가들은 향후 연구개발 조세지원을 지속적으로 확대해 나가고 있다"며 "대기업은 조세지원을 축소해도 버틸 여력이 있지만 중소기업들은 축소로 인한 타격이 크다"고 말했다.

중기연구원은 축소나 폐지보다는 R&D 세액공제와 R&D 설비투자 세액공제 제도를 통합·항구화하는 것이 필요하다고 충고했다. 노 연구위원은 "두 제도의 통합이 이루어진다면 R&D 조세지원제도의 활용도가 제고될 것"이라며 "세액공제율 상향조정 등을 통해 기업의 R&D설비투자를 보다 유인할 수 있다"고 내다봤다.

이밖에도 중기연구원은 ▲미래 성장동력 R&D세액공제 신설 ▲개방형 혁신활동에 대한 조세지원 확대 ▲R&D조세지원제도 일몰기한 연장 ▲중소기업 재직인력에 대한 조세지원 확대 ▲중견기업에 대한 국세통계정보 제공 등을 주요 추진과제로 제시했다.

노 연구위원은 "우리나라의 R&D조세지원은 기업의 R&D투자를 유인하는데 분명한 효과가 존재한다"며 "지속되는 경제위기를 극복하고 미래 성장동력 확충을 위해서는 중소기업 중심으로 연구개발 조세지원을 과감하게 확대할 필요가 있다"고 말했다.



이지은 기자 leezn@asiae.co.kr
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