[아시아경제 박연미 기자] 다음달부터 1세대 1주택자 양도소득세 비과세 요건이 완화된다. '3년 이상 보유, 2년 이상 거주' 요건을 모두 갖춰야 했던 서울·과천과 5대 신도시에서 2년 거주 요건이 폐지된다.

성실신고확인제도에 따라 세무사 등에게 소득을 확인받으면 100만원 한도 내에서 비용의 60%를 세액 공제 받을 수 있다. 반대로 확인을 받지 않으면 산출세액의 5%에 이르는 가산세를 물고, 세무조사도 받게 된다. 또 단순히 퇴직연금을 가입한 금융기관만 바꾸는 경우 퇴직소득세를 물리지 않기로 했다.

기획재정부는 12일 이런 내용의 세법 시행령 개정안을 발표했다. 지난달 임시국회에서 처리된 소득·법인세법 등 6개 세법 개정안에 따른 후속조치다. 달라지는 시행령은 입법예고 뒤 국무회의 등을 거쳐 6월 중 효력을 낸다.

소득세법 시행령이 달라지면 서울과 과천 및 5대 신도시 소재주택에 대한 2년 거주요건이 사라진다. 종전까지 이 지역 1세대 1주택자의 경우 '3년 이상 보유, 2년 이상 거주' 요건을 모두 갖춰야 했다. 정부는 시행일 이후 양도분부터 이 규정을 적용하기로 했다.

진통 끝에 처리된 성실신고확인제도 세부 규정도 정리됐다. 앞으로 ▲수입 금액이 30억원 이상인 농림어업·도소매업자 ▲15억원 이상인 제조업·숙박음식점업자 ▲7억5000만원 이상인 부동산·서비스업자는 세무사나 회계사로부터 소득 금액을 확인받아야 한다.

이 제도는 시행일이 속하는 과세기간부터 적용되며 세무사 등은 자기의 소득을 스스로 확인할 수 없다. 확인에 드는 비용의 60%는 100만원 한도 내에서 세액 공제되며, 성실사업자는 교육·의료비도 공제 받을 수 있다. 확인을 거치지 않으면 5%의 가산세를 물고, 세무조사도 받게 된다.

단순히 퇴직연금 계좌만 옮기는 경우 퇴직소득세도 물리지 않기로 했다. 종전에는 계좌 개설 기관을 옮길 때 퇴직금이 인출된 것으로 봐 세금을 부과하면서 논란이 일었다. 새 규정은 시행일 이후 이전하는 계좌부터 적용한다.

미분양주택 해소를 위한 장치도 계속 추가된다. 리츠·펀드·신탁회사가 미분양주택을 팔 때 법인세 혜택을 주는 요건을 완화하고, 적용 기간도 늘리기로 했다. 종전에는 지방 미분양주택에 50% 이상을 투자할 때만 혜택을 줬지만, 앞으로는 지역 구분을 두지 않고 투자하는대로 혜택을 볼 수 있다. 적용 시한도 올해 4월말에서 내년 말까지 연장한다. 단 적용 대상은 시행일 이후 구입했다 되파는 집에 한정한다.

리츠·펀드·신탁회사 소유 미분양주택에 대한 종합부동산세 비과세 요건도 너그러워진다. 지역 구분을 폐지하고 적용 시한도 올해 4월에서 내년 말로 늘렸다.

이외에 신성장동력과 원천기술 연구·개발(R&D) 세액 공제 대상은 더욱 확대하기로 했다. 전담요원 인건비와 연구개발용 부품·원재료 구입비의 20%에 세액공제 혜택을 주고, 중소기업의 경우 30%까지 한도를 높였다. 일반 R&D는 지출액의 3~6% 혹은 R&D지출 증가액의 40%까지 공제를 받을 수 있다. 중소기업은 같은 조건일 때 각각 25%, 50%의 세액공제를 받게 된다.

공제대상 분야도 늘어난다. 풍력·지열 에너지와 3D 및 4D 등 입체영상, 스마트자동차 등 IT 융합 분야가 포함된다. 차세대 신공정 LCD 개발 기술도 공제 대상에 넣었다. 세액 공제는 시행일이 속하는 과세연도 발생분부터 받을 수 있다.
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박연미 기자 change@
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